平成7年4月に設立された。青森大学付属総合研究所は、昭和43年度設立の青森大学附属産業研究所をはじめ、その後順次設立され、活動を続けていた同地域問題研究所、同雪国環境研究所、同考古学研究所、同学際情報研究所を統括し、研究所相互間の連絡、調整を行い、調査研究の向上を図るとともに、各研究所が有する固有の専門性を学際的に結集させて一層の研究進展を図ることを目的としていた。
以後、各研究所の連絡調整を図るとともに、毎年、研究会を開催し、また、機関紙「研究年報」を年1回刊行してきた。
平成22年3月に、青森大学付属総合研究所以外の研究所は廃止され、4月から、付属総合研究所の研究班に組織された。
平成25年4月からは、青森大学付属総合研究所は、産業研究班、地域問題研究班、学際情報研究班及び文化・環境研究班により組織されている。青森大学付属総合研究所は、人文科学、社会科学及び自然科学にわたる総合的又は学際的な研究を行い、あわせて総合研究所に置かれた各研究班の機能を統括することを使命としている。
平成26年3月、研究年報を復刊し、誌名を改め、継続することとし、「青森大学付属総合研究所紀要」を発行することとした。「青森大学付属総合研究所紀要」は、本学としては、発刊を続けている「青森大学研究紀要」に加え、新たな研究成果の発表の機会となるものであり、本学の研究活動の活性化と学問の進展に資することを期している。